Shaharga qahramonlar kerak. Zulmat Nyu-Yorkni Shredder va uning dahshatli Foot Clan qiyofasida o'rab oldi, ular politsiya zobitlaridan tortib siyosatchilargacha hamma ustidan qattiq nazoratga ega. To'rt aka-uka, o'smir mutant Nindzya toshbaqalar kanalizatsiyadan turib, o'z taqdirlarini oshkor qilmaguncha, kelajak qorong'u ko'rinadi. Toshbaqalar shaharni qutqarish va Shredderning shaytoniy rejasini buzish uchun qo'rqmas muxbir Aprel va uning kinoyali operatori Vern Fenvik bilan ishlashi kerak.