Yashil tepalikka joylashib, Sonic haqiqiy qahramonning barcha imkoniyatlariga ega ekanligini isbotlashga intiladi. Qahramonlik sinovi esa uzoq kutilmaydi: yovuz doktor Robotnik yana fitna uyushtirmoqda. Bu safar - sirli hamkor Knuckles bilan. Ular birgalikda butun tsivilizatsiyalarni yo'q qilishga qodir kuchlarni o'z ichiga olgan bebaho zumradni qidiradilar. Sonic Tails tulkisi bilan birgalikda dunyo bo'ylab sayohat qiladi va zumradni noto'g'ri qo'llarga tushishidan oldin topadi.